O BacDive é uma base de dados abrangente que fornece informações padronizadas sobre a diversidade de bactérias e arqueias, incluindo dados taxonômicos, fisiológicos e morfológicos.

Como posso baixar dados do BacDive?

Os usuários podem baixar dados no formato CSV através da interface gráfica (GUI) ou utilizar a API RESTful com clientes em Python e R para acesso automatizado.

O BacDive inclui predições de IA?

Sim, desde 2023, o BacDive oferece uma seção de predições baseadas em genoma, utilizando modelos de machine learning treinados em seus dados curados.

Banco de Dados de Diversidade Bacteriana (BacDive)

Q: Quem gerencia o BacDive?

O banco de dados é hospedado e mantido pelo Instituto Leibniz DSMZ (German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH).

O BacDive (The Bacterial Diversity Database) é a maior base de dados mundial dedicada ao fornecimento de informações padronizadas em nível de cepa para bactérias e arqueias. O recurso é fundamental para a pesquisa microbiológica, consolidando dados de taxonomia, morfologia, fisiologia, amostragem ambiental e sequenciamento genético.

Estrutura e Governança

O BacDive é hospedado pelo Instituto Leibniz DSMZ (German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH) e integra a infraestrutura de Diversidade Digital do DSMZ. A base de dados possui reconhecimento internacional, sendo membro da rede de.NBI (Rede Alemã de Infraestrutura de Bioinformática) e do consórcio ELIXIR.

Em 2022, a Global Biodata Coalition designou o BacDive como um Recurso de Biodados Global Principal (Global Core Biodata Resource - GCBR) e, em 2023, foi nomeado como um Recurso de Dados Principal do ELIXIR.

Conteúdo e Evolução dos Dados

Lançado originalmente em abril de 2012, o BacDive surgiu com o objetivo de padronizar e tornar públicos os dados de cepas provenientes de coleções de cultura, compêndios e publicações científicas. A primeira versão continha 89.758 entradas referentes a 18.157 cepas, distribuídas em 179 campos de dados distintos.

Até dezembro de 2024, a base de dados expandiu significativamente, abrangendo mais de 1.000 campos de dados diferentes e totalizando 2.709.516 entradas para 99.392 cepas, das quais 21.168 são cepas-tipo. Cada entrada é rigorosamente vinculada a uma referência bibliográfica.

Categorias de Informação

Os dados de cada cepa são organizados nas seguintes categorias:

Nome e classificação taxonômica;
Morfologia;
Condições de cultura e crescimento;
Fisiologia e metabolismo;
Isolamento, amostragem e informações ambientais;
Informações de segurança;
Informações de sequência.

A partir de 2023, o BacDive introduziu a seção "Genome-based predictions" (Predições baseadas em genoma), que apresenta dados de alta qualidade previstos por modelos de aprendizado de máquina treinados com os dados curados da própria base.

Acesso aos Dados

O acesso às informações do BacDive é disponibilizado por meio de três vias principais:

Interface Gráfica do Usuário (GUI): Permite buscas simples com preenchimento automático (por nome, número de coleção, Tax ID do NCBI ou número de acesso INSDC) e buscas avançadas em 130 campos de dados para consultas complexas. Os dados podem ser exportados em formato CSV.
Serviço Web RESTful: Permite o acesso automatizado ao conteúdo (requer registro gratuito). Para facilitar a integração, existem clientes de software disponíveis em Python e R.
Endpoint SPARQL: Disponibiliza o acesso aos dados via linguagem de consulta para bases de dados semânticas.

Integração com Outros Recursos

Para informações que extrapolam o escopo do BacDive, a plataforma fornece links para bases de dados externas e internas do ecossistema DSMZ.

Recursos da Infraestrutura DSMZ

BRENDA
LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature)
MediaDive
SILVA
Straininfo
PhageDive

Bases de Dados Externas

EBI (European Bioinformatics Institute)
ChEBI
NCBI (National Center for Biotechnology Information)
MicrobeAtlas